R-使用RCPP时如何并行C 代码

r - How to parallelise C++ code when using Rcpp?

本文关键字：并行 代码 何并行 使用 RCPP      更新时间：2023-10-16

我有一个R脚本，该脚本通过sourceCpp("prog.cpp")编译C 代码，然后调用从prog.cpp导出的函数go。然后，此C 代码会给R回到R和(很长一段时间后(，然后终于返回结果。

我认为我应该开始利用笔记本电脑有4个内核的事实。我想平行于事物。但是，在遇到意外问题之前，我可能会问什么是支持的，什么是不支持的？

可以通过几种方式处理任务：

  • (如果可能的话，这是我想做的(在R中调用clusterApply。然后，clusterApplied的函数将调用此C 函数，这意味着此函数将在4次并行称为4次。
    • 该C 函数的所有4个实例都可以彼此隔离吗？
    • 特别是，prog.cpp使用的全局变量会在4个孤立的实例中或仅一个实例吗？(不要向我扔石头...我知道最好避免全球范围(
    • 当C 代码调用R函数时，我会遇到问题，然后从Cran中调用函数？
    • 如果不是：在clusterApply内部调用sourceCpp("prog.cpp")帮助吗？(与go返回所需的长时间相比，汇编时间可以忽略不计(
  • (从我阅读的内容中，这是行不通的，但无论如何，让我们询问这一点(：我可以只从R代码中调用go(就像我现在这样做一样(，并在内部创建4个线程C 代码？
    • 我注意到，即使任务在计算上很昂贵，也倾向于不执行此操作，这使我认为这样做可能不支持
    • 尤其是，当螺纹C 代码回到R时，我会遇到问题吗？(如果这很重要，则C 代码调用的R函数将从Cran中调用包装的函数(

我搜索了谷歌，我知道存在像rcppparallal这样的东西。但是，引用其主页：

API限制

您在平行工人中编写的代码不应以任何方式调用R或RCPP API。

然后我想我不能使用rcppparallal>喜欢并行化它们；因为clusterApply允许我。

使用clusterApply时，实际上正在使用(在您的情况下(4个不同的R进程。因此，是的，C 功能，任何全局变量等都将是分开的。即使从C 回电也是安全的，因为每个C 功能都有自己的R进程可以与之通信。它进一步进一步：您应该通过clusterApply调用sourceCpp，因为否则不同的R进程将不具有首先调用的C 函数。替代方案是建造一个包裹。在C 中并行化(通过RCPPPARALALE，OPENMP或std::thread(在您的情况下是不可能的，因为您想从C 回电。顺便说一句，如果可能的话，我会尽力摆脱这些呼叫。

虽然您的FIR方法原则上应起作用，但尚不清楚您将获得太多的性能增益，因为并行计算带有其自己的Cavetas集(内存消耗，通信开销...(

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